डॉ जाकिर नाइक पर आरोप है कि वो अपनी तकरीर में भड़काऊ भाषण देते हैं जिससे कई आतंकी प्रभावित हुए हैं. इसके अलावा उनके कई बयान विवादों में रहे. अपने एक बयान में जाकिर ने मुसलमानों को आतंकी बनने के लिए कहा उनका एक और बयान विवादों में है जिसमें उन्होंने ओसामा बिल लादेन को आतंकी मानने से इनकार कर दिया. डॉ जाकिर के कार्यक्रम में कई धर्म गुरू भी चर्चा में शामिल होते रहे हैं इसके अलावा कांग्रेस के दिग्गज नेता दिग्गविजय सिंह भी कार्यक्रम का हिस्सा बन चुके हैं . दिग्गविजय ने जाकिर को शांति दूत बताया था.

पहले भी विवादों में रहे डॉ जाकिर नाइक बांग्लादेश में हुए विस्फोट के बाद फिर चर्चा में आ गये ढाका में हुए आतंकी हमले के दौरान आतंकियों के डॉक्टर जाकिर नाइक से प्रेरित होने की बात सामने आई थी जिसके बाद खुद जाकिर ने दावा किया था कि बांग्लादेश में मुझे ज्यादातर लोग जानते हैं, जिनमें कई नेता, बिजनेसमैन, स्टूडेंट्स शामिल हैं.

पूर्वी दिल्ली से सांसद महेश गिरी ने राजनाथ को लिखे पत्र में डॉ जाकिर नाइक के भाषणों की जांच करने की मांग करते हुए लिखा है कि जाकिर ने पहले भी हिंदू देवी-देवताओं के खिलाफ विवादास्पद बयान दिए हैं. इनकी तकरीरों से युवाओं का ब्रेन वॉश होता है. इन विवादों पर डॉ जाकिर नाइक ने भी सफाई दी है उन्होंने कहा कि उन पर कई आरोप लगाये जा रहे हैं जो निराधार हैं.