मुस्लिम संगठनो का कहना है कि योग में हमें दूसरों की भी इबादत करनी होगी जबकि इस्लाम में सिर्फ अल्लाह के इबादत की इजाजत है इसलिए हम योग का विरोध कर रहे हैं. इसी विवाद को देखते हुए पहले सूर्य नमस्कार को योग के कार्यक्रम से हटा दिया गया. लेकिन इसके हटने के बावजूद भी मुस्लिम संगठन इसका विरोध कर रहे हैं. अब मुस्लिम पर्सनल लॉ बोर्ड के भी योग के खिलाफ खुलकर सामने आने से अन्य मुस्लिम संस्थाओं को भी बल मिला है जो दबी जुबां में इसका विरोध कर रहे थे.

यूएन में प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी ने योग की पैरवी की थी और योग के महत्व को समझाते हुए योग दिवस मनाने की अपील की थी. यूएन ने भी इस पर तत्काल फैसला लेते हुए योग दिवस की घोषणा कर दी. भारत इसकी अंतरराष्ट्रीय स्तर पर अगुवायी कर रहा है. ऐेसे में अपने ही देश में हो रहे विरोध का असर इसमहत्वाकांक्षीयोजना पर पड़ सकता है. सरकार ने योग दिवस मनाने के लिए बड़ा आयोजन किया है. प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी ने भी मन की बात कार्यक्रम के दौरान लोगों से अपील की थी योग दिवस में सहयोग करें.